管理的功能不同：MES系統除了細化生產計劃和收集生產數據外，還有批次級的生產控制和調度的管理功能。ERP系統制造管理方面的功能主要是編制生產計劃，收集生產數據。 實現的方式不同：MES系統是采用事件的方式實現管理，生產訂單的變化和現場的制造情況，通過MES內置的WIP引擎立刻觸發相關事件，要求相關人員或設備采取相應的行動。ERP系統主要采用填寫表單和表單拋轉的方式實現管理，現場收到的制造任務是通過表單傳達，現場制造數據也是通過填寫表單完成收集。

所處層級不同：MES系統是執行層，特別是對于工廠制造業，數據采集通過其關鍵功能，起到質量、過程控制和追溯的作用，是智能制造的基礎。ERP系統是指揮層，更多的是為企業管理服務，可以涉及人力、金融等各個領域，主要具有文檔錄入、確認、信息通知、審批等功能，使信息跨部門流動。 管理的時間周期不同：MES系統采取了WIP引擎來驅動管理，能夠做到現場的實時管理。ERP系統表單方式不可避免會有一個錄入的周期，因此在生產調度上會有兩個錄入周期的滯后，對于制造周期短的生產可能會造成影響。 工作方法不同：MES系統工作現場的指令下達和數據收集都是通過信息系統來實現的。ERP系統只是制造現場和生產管理部門的接口通過信息系統來連接。